Pour la majorité des gens, les vampires ne sont qu’une légende inventée de toutes pièces. Ils ne se doutent pas que ces êtres qui se situent au dessus d’eux dans la chaîne alimentaire vivent à leurs côtés dans la plus grande discrétion. Si les vampires sont bel et bien des êtres se nourrissant du sang humain, entraînant dans la plupart des cas la mort de ces derniers, certains savent contenir leur soif à l’aide de tablettes spéciales et vont jusqu'à protéger les humains de leurs congénères.

La volonté de faire vivre pacifiquement les deux races anime le cœur d’un homme qui a crée l'Académie Cross. La particularité de cette dernière est qu’elle est utilisée par des classes de nuit (constituées de vampires) et des classes de jour (constituées d’humains). Le système de rotation mis en place permet aux deux classes de n’avoir jamais à utiliser le bâtiment au même moment, ceci dans le but de préserver le secret sur l’existence des vampires. Yuki et Zéro sont les deux élèves chargés la nuit de surveiller qu’aucun humain ne rentre dans l’Académie afin d’éviter tout incident avec les vampires. Si Yuki a été sauvée par l’un deux dans son enfance et sait être indulgente à leur égard, Zéro lui, leur doit la perte de ses parents et leur voue une haine profonde en raison de cela. De l’autre côté, même si la plupart des vampires acceptent le règlement de l’Académie, certains commencent à avoir du mal à retenir leurs pulsions originelles. La question se pose alors de savoir si vampires et humains sont réellement capables de vivre ensemble où si leur cohabitation entraînera inévitablement un bain de sang.

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